Институт гидрогеологии и гидрофизики им. У.М. Ахмедсафина был организован Постановлением Совмина КазССР в 1965г. на базе Отдела гидрогеологии и инженерной геологии Института геологических наук им. К.И. Сатпаева и Отдела гидрогеологии и гидротермии КазИМСа Госгеолкома СССР. В 1985г. Институту присвоено имя У.М. Ахмедсафина – академика АН КазССР, Героя Социалистического труда, первого директора и основателя Казахстанской гидрогеологической научной школы. В 2007г. Институт гидрогеологии и гидрофизики переименован в Институт гидрогеологии и геоэкологии. Приказом АО «ЦНЗМО» № 133 от 22 октября 2007 года создано Товарищество с ограниченной ответственностью «Институт гидрогеологии и геоэкологии имени У.М.Ахмедсафина» в составе Акционерного общества «Центр наук о земле, металлургии и обогащения».
С 2016 года ТОО «Институт гидрогеологии и геоэкологии имени У.М.Ахмедсафина» вошел в состав НАО «Казахский национальный исследовательский технический университет имени К.И.Сатпаева»
У истоков создания Института стояли такие известные ученые-гидрогеологи, как Ахмедсафин У.М., Сыдыков Ж.С., Мухамеджанов С.М, Шапиро С.М., Жеваго В.С., Жапарханов С.Ж., Давлетгалиева К.М., Шлыгина В.Ф., Джабасов М.Х., Курмангалиев Р.М., Муртазин Ж.В., Иванов В.Н. и др.
Институт создал первую в Казахстане научную школу аридной гидрогеологии, разработки которой легли в основу ряда правительственных решений, направленных на улучшение водообеспеченности отдельных регионов страны. Данные прогнозных оценок подземных вод использованы при разработке долгосрочных программ производственных гидрогеологических исследований, а также проектов по поиску и разведке запасов подземных вод.