Институтом ведутся крупные фундаментальные и региональные прикладные исследования в области установления закономерностей формирования и размещения различных типов подземных вод, выявления значительных ресурсов подземных вод, разработки новых методов их оценки, гидрогеологической стратификации и картирования, прогнозирования техногенных гидрогеологических процессов с использованием современных методов химического анализа воды, а также моделирования и новейших компьютерных и ГИС технологий. Институт выполняет коммерческие проекты по оценке запасов подземных вод. Разработки Института по результатам исследований научных направлений аридной гидрогеологии широко известны во всем мире.
Результаты теоретических и методических разработок ученых Института гидрогеологии и гидрэкологии им.У.М.Ахмедсафина стали достоянием широкой научной общественности. Основные научные положения этих разработок были доложены на многих международных научных симпозиумах, съездах и конференциях (США, Россия, Китай, Англия, Израиль, Иран, Бразилия, Украина, Казахстан и др.). Они легли в основу ряда правительственных решений, направленных на улучшение водообеспеченности отдельных регионов страны. Данные прогнозных оценок на различные подземные воды использованы при разработке долгосрочных программ производственных гидрогеологических исследований, а также проектов по поискам и разведке запасов подземных вод.